Este museo fue creado por los Franciscanos en el s.XIX. En la actualidad el museo cuenta con unas ricas colecciones de Mineralogía, Zoología, Entomología, Paleontología, Ornitología, Botánica, Malacología, Crustáceos, Huevos de aves, etc… Además del Museo de Historia Natural, el Colegio cuenta con un pequeño Museo de Antigüedades, una Biblioteca y un Jardín botánico, así como una Granja y un Observatorio Meteorológico.